Nem. A 3. pont független a gnome themestől. Ha normálisan működik a lightdm, akkor ne nyúlj hozzá. Érdekességnek összevetheted mi van az új .conf.pacnew fájlban, miben más, mint a te konfigod. Csak figyelmeztet, hogy az új csomagverzióban lévő .conf nem lép életbe automatikusan (nem akarja a te konfigolásodat automatán tönkretenni, felülírni), így ha mégis életbe szeretnéd léptetni, akkor a mostani .conf-ot nevezet át .conf.old-ra, az újat meg .conf.pacnew-ről .conf-ra.
A 2. pont viszont tényleg amiatt volt, hogy nem egyeztél bele a cserébe.