A Gigabyte igényesebb házait, melyek közül a 3D Aurora, a Triton és a Poseidon is megfordult szerkesztőségünkben, úgy alakította ki, hogy akár külső hőcserélővel rendelkező vízhűtőrendszerekkel is könnyedén lehessen őket használni. Kisebb testvéreihez hasonlóan a hamarosan piacra kerülő 3D Mercury hátulján is találhatók kivezetések egy kívül elhelyezett radiátorhoz, azonban erre nem feltétlenül lesz szükség, hiszen a ház beépített vízhűtőrendszerrel szolgál.

A tartály, a pumpa és az elölről hátrafele irányuló huzatban álló radiátor blokkja a ház felső részében kapott helyet. A folyadékáramlásról tájékoztató kijelző, illetve a ventilátorok szabályzója mellett találhatók a szokásos gombok és csatlakozók (USB, FireWire, audio), alattuk látható a vízszintjelző, míg a beöntőnyílás a ház tetejére került. A házzal csak egy CPU-blokk jár, ám része egy elosztószelep is, így más alkatrészek vízzel történő hűtése is egyszerűen megoldható.

A 3D Mercury mérete 205 x 535 x 620 mm; microATX, ATX és Extended ATX alaplapokat képes befogadni. Alumíniumból és (részben nikkelezett) acélból készül, a rácsos oldalpanel igény szerint plexire cserélhető. Négy 5,25 colos, két kívülről elérhető és további öt belső (90 fokkal elforgatott) 3,5 colos meghajtórekeszt tartalmaz. Elöl egy, hátul két 12 cm-es, 1000 rpm fordulatszámú, kéken világító ventilátor kap helyet, a vizes hőcserélő pedig két saját 12 cm-es, 1000 és 2600 rpm között szabályozható légcsavarral rendelkezik.